Niklashausen wurde 1170 erstmalig als Nicozeshusen erwähnt.
Das Dorf gehörte ursprünglich zu der alten Grafschaft Wertheim und kam 1806 zum Großherzogtum Baden. Wie die anderen Ortschaften Werbachs, wurde auch die Gemeinde Niklashausen Opfer von der Pest und eines Großbrands, bei dem große Teile des Dorfes zerstört wurden.
1354 erhielt die Marienkirche ein päpstliches Ablassprivileg und war seit Mai 1476 Ziel einer der letzten spätmittelalterlichen Massenwallfahrten.
Die heute unter Denkmalschutz stehende evangelische Pfarrkirche, wurde 1518 von Philipp Eucharius von Stettenberg gebaut und Chor sowie auch Untergeschoss sind heute noch erhalten.
1975 wurde Niklashausen mit Werbach zusammengeschlossen.