Erstmals erwähnt wurde Niederstetten um 800 in der Schenkungsurkunde der ursprünglichen Burganlage an das Kloster Fulda und gehört seit 1290 den Herren von Hohenlohe-Brauneck, die von der Niederstetten überragenden Burg Haltenbergstetten ihre Herrschaft über den bis ins 19. Jahrhundert auch meist nach ihr genannten Ort ausübten.
1340 verlieh Kaiser Ludwig der Bayer dem Markt Haltenbergstetten Stadtrecht (samt ,Bann, Stock, Galgen und allem Gericht") und Kaiser Karl IV. 1367 die Privilegien der Stadt Gelnhausen.
Burg und Stadt erwarben 1366 Götz von Hohenlohe-Speckfeld, dessen Geschlecht 1412 ausstarb.
Im 16. Jahrhundert wurde die Burg zu einem Schloss umgebaut und befindet sich seit 1803 im Besitz der Fürsten zu Hohenlohe-Jagstberg.
Von 1415 an besaßen die Herren von Rosenberg die Herrschaft als Würzburger Lehen. 1632 fiel sie an Würzburg heim. Bischof Franz von Hatzfeldt verlieh sie 1636 an den verdienstvollen Graf Melchior von Hatzfeldt und seinen Bruder Hermann, bis sie 1794 - nach dem Erlöschen der Hatzfeldt - wieder von Würzburg eingezogen wurde.
Der Reichsdeputationshauptschluss von 1803 sprach Niederstetten dem Prinzen Karl Joseph von Hohenlohe-Bartenstein zu, der die Sekundogenitur Hohenlohe-Bartenstein-Jagstberg begründete und das im 16. Jahrhundert umgestaltete Schloss Haltenbergstetten zur Residenz wählte.
Eine jüdische Gemeinde bestand hier vom 17. Jahrhundert an.
Ende des zweiten Weltkrieges wurde Niederstetten zum größten Teil zerstört und der Wiederaufbau ging nur zögerlich voran.
Heute ist Niederstetten ein geschäftiger Marktort. Jeden Montag um 10 Uhr findet hier, auf dem Frickentalplatz, Süddeutschlands größter Ferkelmarkt statt.
1972 wurden Adolzhausen, Herrenzimmern, Oberstetten, Pfitzingen, Rinderfeld, Rüsselshausen, Vorbachzimmern und Wildentierbach, 1974 Wermutshausen eingemeindet.