Zu den Besitzungen, die die Hausmeier Karlmann und Pippin dem 741 gegründeten Bistum Würzburg schenkten, gehörte die auf fränkischem Königsgut errichtete Basilika St. Martin zu Königshofen.
Diese Schenkung wurde 823 durch Kaiser Ludwig von Frommen - dies die erste Erwähnung Königshofens - und 889 durch König Arnulf bestätigt, wobei letzterer zugleich auch den Zehnten aus den königlichen Fiskalgütern in der villa Chuningeshofa an Würzburg überließ.
Über die Edelherren von Zimmern-Lauda gelangten im 12. Jahrhundert die Herren von Hohenlohe in den Besitz Königshofens; von diesen erwarb es 1414 Heinrich von Sickingen, dessen Witwe es 1418 an Mainz weiterverkaufte.
Mainz hat Königshofen sodann mehrfach verpfändet und erst 1730 endgültig in eigene Verwaltung genommen.
Am 03.06.1525 fand auf dem Turmberg bei Königshofen die entscheidende Schlacht des Bauernkrieges in Franken statt, bei der Pfälzer, Trierer und Würzburger Truppen die Bauern vernichtend schlugen. Unter den 4000 Getöteten befanden sich auch die ganze waffenfähige Mannschaft Königshofens, angeblich 250 Mann.
Königshofen, bis 1730 immer nur als Dorf, Flecken oder Marktflecken bezeichnet, besaß in seiner Michaelismesse blühendsten Markt des Taubergrundes.
Zugleich war es alter Hochgerichtsbezirk, die Cent Königshofen umfasste 23 Orte, darunter die Stadt Lauda. Das Gericht wurde an der Tauberbrücke abgehalten, in deren Nähe sich auch das Centgefängnis befand. Unter Kurfürst Adam von Bicken (1601-04) fanden hier besonders zahlreiche Hexenverbrennungen statt.
Die Brücke wurde 1566 in Stein erbaut, 1732 durch ein Unwetter weggerissen und nicht mehr erneuert, wodurch sich der Hauptverkehr auf die Tauberseite verlagerte.
Neben dem Deutschen Orden und mehreren Klöstern war auch der Johanniterorden in Königshofen begütert; der Johanniterhof in der Nähe der Kirche soll die Stelle bezeichnen, wo der Orden vor 1362 seine Niederlassung hatte.
An der 1836 erbauten Pfarrkirche, der vierten seit der Karolingerzeit, sind Teile der zweiten romanischen (Portal) und der dritten spätgotischen (Fenster) verwertet. Auch mehrere Häuser und Torwege aus der Spätrenaissance sind gut erhalten.
1972 wurden Deubach, Messelhausen und Sachsenflur nach Königshofen eingemeindet, 1975 Königshofen zusammen mit Lauda und Unterbalbach zur neuen Stadt Lauda-Königshofen vereinigt.