“Chennenkeim” wird zum ersten Male 1149 in einer Schenkungsurkunde erwähnt. Adam, der erste Abt von Ebrach, tritt an Würzburg 20 Höfe, Weinberge und zwei Mühlen ab, die ihm von König Konrad geschenkt worden waren. Königheim war im 13. Jahrhundert Sitz eines Rittergeschlechtes: 1209 wird ein Cuonradus de Kennencheim erwähnt.
Am Ende des 13. Jahrhundert treten die Semann von Kenikheim auf.
1585 überließ Bischof Julias die Rechte Würzburgs in Königheim dem Erzstift Mainz, das schon vorher hier begütert war.
Güter besaßen in Königheim auch die Klöster Amorbach und Bronnbach sowie das Stift Aschaffenburg, ferner die von Riedern. Die Burg zu Königheim war zeitweise (1329) Eigentum des Grafen Rudolf von Wertheim und zwar als Böhmisches Lehen. 1565 kam das Dorf an den Grafen Ludwig von Stollberg-Königstein, der durch Vergleich mit Kurmainz zu dessen Gunsten auf Königheim verzichtete.
1560 gab Kurfürst Daniel Brendel von Homburg dem Dorf eine neue Ordnung. 1769 war der ganze Flecken leibeigen. Bis 1803 unterstand Königheim dem schon vor 1422 Marktrechte verliehen worden waren, dem Kurfürsten zu Mainz. Es kam danach zum Fürstentum Leiningen und 1806 an das Großherzogtum Baden.
1597 wurde etwa ein Drittel des Ortes durch einen großen Brand zerstört.
Eine zweite Verwüstung erfolgte 1635 im Dreißigjährigen Krieg durch die Kaiserlichen, die Königheim wegen seiner Widersetzlichkeit und des angeblichen Mordes an einigen Soldaten strafen wollten. Bei dieser Gelegenheit ging auch die Kirche in Flammen auf.
Auch in neuerer Zeit wurde Königheim von Katastrophen heimgesucht. Am 31.März 1945 wurden beim Einmarsch der Amerikaner, als 55 Angehörige das Dorf “verteidigen” wollten, zwischen Faktorei und Klinggraben 18 Anwesen, auch die Synagoge, in Brand geschossen, 25 Familien wurden obdachlos, sechs Menschen kamen um. Und schließlich richtete die “Fronleichnamsflut " 1984 erheblichen Schaden an, als der sonst so harmlose Brembach aufgrund eines Staudammbruches über seine Ufer trat. In mühevoller Arbeit wurde Königheim wieder aufgebaut und renoviert.