1045 schenkte Herzog Heinrich VII. von Bayern seinen Besitz zu Creglingen dem Stift zu Bamberg. Er leitete sich aus altem Reichsgut her, noch 1401 hatte das Reich Eigenleute zu Creglingen, auf die König Ruprecht gegenüber Konrad von Weinsberg und dessen Gattin Anna von Brauneck verzichtete.
1080 und 1088 erhielt Kloster Comburg durch seine Mitbegründer Wignand von Mainz und Pfalzgraf Heinrich bei Rhein hier reichen Grundbesitz. Die Kirche musste es 1287 beziehungsweise 1304 dem Hochstift Würzburg überlassen.
Herren von Creglingen, die zu den Brauneck in einem Dienstverhältnis standen, lassen sich Anfang des 14. Jahrhunderts nachweisen. Im 14. Jahrhundert gehörte der Ort den Herren von Hohenlohe-Brauneck.
1349 erwirkte Gottfried von Hohenlohe-Brauneck bei König Karl IV. für Creglingen Stadtrecht. Nach dem Aussterben der Brauneck kam die Stadt über die Grafen von Schwarzburg und Hardeck 1448 an die Markgrafen von Brandenburg-Ansbach und wurde Sitz eines Oberamtes und eines Fraischbezirks.
1384 wurde außerhalb der Stadt am Herrgottsbach an der Stätte eines Hostienwunders die Herrgottskapelle durch die Herren von Brauneck errichtet, eine vielbesuchte Wallfahrtskirche des Spätmittelalters, die den berühmten um 1502-05 von Tilman Riemenschneider geschaffenen Altarschrein enthält. In der Kirche befinden sich auch drei Totenschilde der Hohenlohe-Brauneck von Ende des 14. Jahrhunderts.
1791 wurde Creglingen preußisch, 1806 bayerisch und 1810 württembergisch.