807 erhielt der Bischof Agilward von Würzburg von dem fränkischen Grafen Autulf die Kirche in Schüpf am Platz der heutigen evangelischen Kirche in Oberschüpf.
Im 12. Jahrhundert – erstmals 1144 mit Walther von Schüpf – treten die Schenken von Schüpf als Ortsherren beider Dörfer auf. Durch ihre Beteiligung am Aufstand Heinrichs (VII.) gegen seinen Vater Kaiser Friedrich II. verloren sie die Schenkenwürde und zunächst pfandweise, schließlich für immer auch das Dorf Schüpf an die Herren von Hohenlohe, die es als Reichslehen bestätigt erhielten. König Ludwig der Bayer trat 1316 die Lehenshoheit an das Erzbistum Mainz ab.
Von den Herren von Hohenlohe kamen Burg und Dorf noch im 14. Jahrhundert in den gemeinschaftlichen Besitz der Herren von Rosenberg, von denen eine Zweiglinie in Schüpf selbst residierte, und der Herren von Tottenheim, die 1556 ausstarben.
Im 15. und 16. Jahrhundert erlebte Schüpf die gleichen Schicksale wie das ebenfalls rosenbergische Boxberg. 1470 wurde die Burg Schüpf zerstört. Erben der Rosenberger wurden 1638 und 1640 die Grafen von Hatzfeldt.
Nach dem Aussterben der lehensberechtigten Linie im Jahre 1794 machte Würzburg aufgrund alter Lehensrechte an Teilen von Schüpf dem Erzbistum Mainz die Landeshoheit über den Ort streitig, ebenso der Rechtsnachfolger Würzburgs, Bayern, 1803 den Mainzer Rechtsnachfolgern, den Fürsten von Leiningen.
Erst 1807 trat Bayern die Hoheitsrechte im Schüpfer Grund, zu dem außer Ober- und Unterschüpf auch Lengenrieden und Sachsenflur gehörten, an Baden, die Besitzungen 1808 an Leiningen ab.
1971 wurde Unterschüpf, 1974 Oberschüpf nach Boxberg eingemeindet.
Die Burg, die nur noch als Ruine südwestlich von Oberschüpf erhalten ist, geht in das 12. oder 11. Jahrhundert zurück. Das 1587 von Ägidius Reinhard von Dienheim in Oberschüpf erbaute Schloss ist seit 1880 als Schul- und Rathaus in Gemeindebesitz. – Das Schloss von Unterschüpf geht auf eine ältere 1561 von Albrecht von Rosenberg errichtete Anlage zurück. Seit Ende des 19. Jahrhunderts dient es einem Umbau ebenfalls als Schule und der Nordflügel des Erdgeschosses, die alte Schlosskapelle, als katholische Kirche.