Boxberg geht auf das aus einer fränkischen curtis entstandene Dorf Wanshofen zurück. Der Name wich allmählich dem der darüberliegenden Burg Boxberg, in deren Besitz seit Mitte des 12. Jahrhunderts ein ortsansässiges Geschlecht, zunächst als Lehensleute der Herren von Schweinberg, seit 1213 des Hochstifts Würzburg war.
Ihre Erben wurden 1231 die Herren von Krautheim. 1287 schenkten Gebhard, Kraft und Konrad von Krautheim Burg und Stadt Boxberg den Johannitern in Wölchingen, zu deren Gunsten Bischof Berthold von Würzburg auf seine Lehenshoheit verzichtete. Den noch übrigen Besitz traten die Grafen von Wertheim als Erben des 1313 mit Konrad von Krautheim ausgestorbenen Geschlechts an das Ordenshaus ab.
Schon 1381 musste der verschuldete Orden Burg und Stadt - Boxberg wird 1332 erstmals als Stadt erwähnt - an die Herren von Rosenberg verkaufen, die im 15. Jahrhundert zu berüchtigten Raubrittern wurden. 1470 wurde ihre Veste Boxberg von den Verbündeten Kurpfalz, Mainz und Würzburg gebrochen. Entgegen dem ausdrücklichen Verbot baute Jörg von Rosenberg seit 1480 die Burg wieder auf; sie wurde aber durch einen Strafzug des Schwäbischen Bundes gegen die Rosenberger, die einem geächteten Ritter Unterschlupf gewährt hatten, 1523 erneut in Asche gelegt.
Gegen den Widerstand von Kurpfalz, das Boxberg käuflich erworben hatte, setzte Kaiser Karl V. Albrecht von Rosenberg aus Dank für seine ihm geleisteten Kriegsdienste 1547 wieder in den alten Besitz ein; er begann sofort mit dem Wideraufbau der - nunmehr dritten - Burg in Boxberg. 1561 ging Boxberg jedoch endgültig durch Kauf von Albrecht von Rosenberg in kurpfälzischen Besitz über.
Im 30-jährigen Krieg wechselte Boxberg sechsmal den Besitzer. Pfalz verpfändete sein Amt Boxberg 1681 an Würzburg und 1732 für acht Jahre an den Deutschen Orden.
Nach vorübergehendem Besitz der Fürsten von Leiningen (1802-06) kam Boxberg an Baden. Bis 1924 war es mit kürzeren Unterbrechungen badische Amtsstadt. 1971 wurde Kupprichhausen und Unterschüpf eingemeindet.
1972 wurde Boxberg mit Schweigern und Wölchingen zu einer neuen Stadt Boxberg vereinigt, in die 1973 Angeltürn, Bobstadt, Epplingen, Lengenrieden, Schwabhausen, Uiffingen und Windischbuch und 1974 Oberschüpf eingemeindet wurden.
Von der Burganlage, die bis ins 18. Jahrhundert Pfälzische Besatzung hatte, danach aber als Steinbruch benutzt wurde, sind nur noch Ruinenreste vorhanden. Die katholische Pfarrkirche wurde 1709-12 nach Plänen von Johann Balthasar Neumann erbaut.