Wenkheim entstand, wie Funde aus der Frühzeit beweisen, auf einem sehr alten Siedlungsgebiet. Dagegen wird das Dorf erst 1149 urkundlich als Weggencheim erwähnt - 1259 als Wegenheim, 1423 als Wegenkeim, 1578 als Wegigkeim usw.. Es ist anzunehmen, dass die Herren von Wenkheim, die in Thüringen saßen, von hier stammen. Man kann aber mit Sicherheit sagen, dass das Dorf bis 1625 gräflich-wertheimisches Lehen der Herren Hund von und zu Wenkheim war. Jenes Geschlecht wurde mit Eberhard Hund von Wenkheim 1380 zum ersten Mal erwähnt. 1625 starb jedoch die Wenkheimer Linie aus. Zuvor, bis ins 12. Jahrhundert, gehörte Wenkheim dem Bistum Würzburg. Nach 1625 war das Dorf Bestandteil der Grafschaft Löwenstein-Wertheim und kam 1806 unter die Landeshoheit des Großherzogs von Baden.
In früheren Jahrhunderten stand in Wenkheim einmal Schloss, welches um 1673 durch die Franzosen zerstört wurde. 1750 brannte ein großer Teil des Dorfes nieder und 1776 verwüstete ein furchtbarer Wolkenbruch das Dorf.